Himpunan Editor Berkala Ilmiah Indonesia pada tanggal 24 Januari 2020 menyelenggarakan Kongres II bertempat di Pusat Penelitian Pengembangan Peternakan, Bogor, yang dihadiri oleh 59 anggota HEBII dan 5 staf Fasilitasi Jurnal Ilmiah Kemenristek. Kongres ini menandakan berakhirnya kepengurusan HEBII periode 2018-2020. Kongres dibuka oleh sambutan dari Kepala Puslitbangnak, Dr. Ir. Atien Priyanti Sudarjo Putri, M.Sc, sambutan dan laporan pertanggungjawaban Ketua HEBII, Prof. Dr. Komang G Wiryawan, dan sambutan oleh Kasubdit Fasilitasi Jurnal Ilmiah Direktorat Pengelolaan Kekayaan Intelektual Kemenristek, Dr. Lukman, ST, M.Hum.

Kongres II juga memiliki beberapa agenda, antara lain rapat Komisi I yang dipimpin oleh Dr. Yopi Novita membahas AD/ART, rapat Komisi II dipimpin oleh Prof. Ismeth Inounu membahas program kerja, dan rapat Komisi III dipimpin oleh Prof. Dr. Rajab Ritonga membahas perangkat organisasi. Hasil rapat komisi dan rapat pleno memutuskan beberapa revisi AD/ART, pembahasan program kerja periode 2020-2022, dan perangkat organisasi yang akan dipublikasikan di website HEBII.

Selain itu, dilaksanakan pendampingan untuk jurnal-jurnal yang akan melakukan akreditasi dan internasionalisasi jurnal. Mentor untuk coaching akreditasi adalah Dr. Tuti Suryati dan Prof. Rajab Ritonga, sedangkan mentor untuk coaching internasionalisasi jurnal adalah Prof. Dr. Komang G. Wiryawan, Dr. Sri Suharti, Dr. Dewi Susanna, Prof. Dr. Ismeth Inounu, Prof. Dr. Zulkardi, Prof. Dr. Kuswanto, dan Prof. Dr. Ekowati Chasanah.

Kegiatan kongres berjalan dengan baik yang menghasilkan beberapa keputusan, antara lain memilih kembali Prof. Dr. Komang G. Wiryawan sebagai Ketua HEBII periode 2020-2022. Ketua HEBII akan membentuk susunan pengurus selambatnya dua minggu setelah kongres.